Verkfæraval hefur bein áhrif á vinnslugæði og skilvirkni CNC mölunar. Algengar verkfæri eru meðal annars endafresar, kúluendafrjálsar og yfirborðsfrjálsar, hver hentugur fyrir mismunandi vinnsluaðstæður.
Við vinnslu er mikilvægt að stilla skurðarfæribreytur á réttan hátt, svo sem snúningshraða, straumhraða og skurðardýpt. Óviðeigandi stillingar á færibreytum geta leitt til hraðari slits á verkfærum eða minnkunar á gæðum yfirborðs vinnustykkisins.
Ennfremur er notkun kælivökva mikilvæg; það dregur úr hitastigi, dregur úr núningi og lengir endingu verkfæra.